Préface et remerciements - Isabelle Stengers et Pierre Sonigo
Introduction - Voir, concevoir : le vivant-machine en question -
Sylvie Pouteau
La biologie en mutation
La machine vivante héritée de la physique
L’archétype et le modèle - Le phénomène et l’idée
L’ombre des idées préformées
Du variable à l’émergent
De nouveaux regards sur le vivant
Résonances et convergences
Références bibliographiques
Chapitre 1 - Du sens de la variabilité - Nissim Amzallag
La physique classique, une science du général
La variabilité est-elle forcément la trace d’un bruit indésirable ?
Les postulats de la biométrie
La confrontation avec l’observation
L’individualité, une réalité ignorée
Les contresens de la moyenne
La diversité émergente : expression d’un bruit ?
Individualisation et adaptation
L’origine de l’individuation
Le coefficient de variation, un paramètre biologique ?
Variabiité adaptative, plasticité et canalisation
Degré de redondance dans les régulations
L’effet silencieux
Effets directs et indirects
La connectance, une quantification des réseaux d’interaction
L’approche quantitative de la régression
Sens des valeurs faibles de r
Plasticité développementale et relations inter-organes
Connectance et héritabilité
L’émergence d’une nouvelle réalité
Pour un retour au choix épistémologique
Références bibliographiques
Chapitre 2 - Expression aléatoire des gènes au cours de la différenciation cellulaire - Andras Paldi
Des facteurs de régulation par milliers
Pas de libre circulation autour des gènes
Des molécules en perpétuel mouvement
Des repères épigénétiques
La différenciation : un processus de variation-sélection ?
Une marche aléatoire vers une différenciation ordonnée
Des modulations métaboliques
Le flux métabolique comme force structurante
Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 3 - Multistabilité et épigenèse dans les systèmes biologiques - Michel Laurent
L’exemple de l’opéron lactose
Gènes on-off : une logique et une mécanique binaires
Prigogine, ou l’opéron dissipatif
L’effet de « maintenance » : l’expérience clé de Novick @ Weiner
Un modèle simple
États stationnaires multiples et hystérèse
Delbrück, une pensée visionnaire quelque peu oubliée
Bistabilité dans la dynamique des maladies à prions
Construction du modèle dynamique
Analyse du modèle : états stationnaires et isoclines nulles
Des transitions entre états stationnaires extrêmement lentes
Transitions hystérétiques et transitions irréversibles
Implications biologiques
La dynamique, un concept ubiquiste et universel
Dynamiques moléculaires
Échelle supra-moléculaire
Références bibliographiques
Chapitre 4 - Morphogenèse des structures arborisées et conditions physiques d’une croissance biologique auto-organisée - Vincent Fleury
Une petite introduction &ag